管理办法明确，国家医学中心以推动国家医学科学进步为目标，聚焦重大疾病防治需求，对标国际医学科学前沿；国家区域医疗中心以满足各区域疑难复杂和重大疾病的医疗服务需要为重点。国家卫生健康委负责“双中心”的设置管理、考核评价和动态调整等工作，组建工作专班、技术专班和专家组，建立国家医学中心“揭榜挂帅”和跟踪评估机制。
管理办法指出，对国家医学中心的考核，形成以重大疾病诊疗能力、先进技术开展情况、领军人才培养、研发成果科学价值和社会价值、牵头开展国际合作为导向的考核评价体系，重点考核“揭榜挂帅”任务落实情况、行业示范引领情况、国家卫生健康委交办任务完成情况等。对国家区域医疗中心的考核，形成以重大疾病诊疗能力、先进技术开展情况、学科带头人培养为导向的考核评价体系，重点考核区域带动情况、患者跨区域和跨省就医情况、国家卫生健康委交办任务完成情况等。考核形式主要包括中心自评估、专家评议、数据分析等，对考核结果优秀的中心予以重点支持，连续两年优秀的，第三年可免予考核。连续三年考核不合格的取消中心资格。
管理办法强调，同一类别的国家医学中心和国家区域医疗中心要共同成立管理委员会，建立有效的协同工作机制。国家医学中心、国家区域医疗中心依托的主体医院隶属关系不变，实行主体医院党委领导下的中心主任负责制。每个省份在同一类别只可申报一个国家医学中心或国家区域医疗中心，联合申报的主体医院原则上不超过2家。每家医院不能作为3个以上（不含3个）类别的国家医学中心或国家区域医疗中心。
