《条例》中，中药保护与产业发展单独成章，其中明确：县级以上人民政府有关部门应当加强对药用野生动植物资源和其他中药材资源的保护以及道地中药材野生抚育管理；鼓励建立具有地方特色的豫产道地中药材评价体系，支持豫产道地中药材、大宗中药材品种的保护和生产，加强产地生态环境保护，支持豫产道地中药材品种申报地理标志产品；扶持豫西伏牛山区等建设优质中药材生产基地。
为保证中药材质量安全，《条例》规定,种植养殖中药材须严格控制农药、肥料等农业投入品的使用，禁止使用剧毒、高毒农药和国家禁止使用的其他物质。中药饮片应按照国家药品标准炮制；国家药品标准没有规定的，应按照省药品监督管理部门制定的炮制规范炮制；鼓励社会团体、企业制定高于国家标准、行业标准、地方标准的中药材团体标准、企业标准。
《条例》还明确，县级以上政府及其有关部门应对源于经典名方、名老中医验方和医疗机构中药制剂的中药新药研发给予政策和资金支持；省中医药主管部门应当建立健全医术确有专长人员寻访制度，对医术确有专长人员组织开展调查、登记，建立中医药确有专长人员数据库。
